Al-Quran bukan hanya kitab petunjuk moral dan hukum, tetapi juga mengandung isyarat-isyarat ilmiah yang mendahului zamannya. Di Pondok Pesantren Tahfidzul Qua, pemahaman ini tidak hanya dibiarkan sebagai doktrin pasif, melainkan dieksplorasi secara aktif melalui sebuah agenda rutin yang bertajuk Membedah Mukjizat Sains. Forum ini didesain sebagai ruang dialog intelektual antara teks-teks suci dengan penemuan sains modern terkini. Melalui pendekatan ini, para santri tidak hanya didorong untuk menghafal lafaz Al-Quran secara tekstual, tetapi juga memahami kedalaman maknanya yang sangat relevan dengan kemajuan ilmu pengetahuan abad ke-21, mulai dari bidang embriologi hingga astronomi.
Pelaksanaan Diskusi Mingguan ini melibatkan berbagai narasumber, mulai dari para ustaz yang ahli dalam bidang tafsir hingga para praktisi sains yang memiliki latar belakang akademis kuat. Topik yang diangkat selalu menarik dan kontekstual, misalnya mengenai siklus air, perluasan alam semesta, hingga pembentukan sidik jari manusia yang semuanya telah diisyaratkan dalam ayat-ayat Al-Quran sejak empat belas abad yang lalu. Diskusi di Tahfidzul Qua ini menggunakan metode perbandingan yang teliti; mereka mengkaji ayat-ayat tertentu, melihat pandangan mufasir klasik, lalu menyandingkannya dengan data-data ilmiah dari riset laboratorium modern. Cara ini terbukti sangat efektif dalam memperkuat keimanan para santri melalui jalur intelektual yang rasional dan terukur.
Salah satu tujuan utama dari pembedahan mukjizat sains ini adalah untuk meruntuhkan dikotomi antara ilmu agama dan ilmu umum. Pesantren menekankan bahwa kebenaran yang bersumber dari wahyu (ayat qauliyah) tidak akan pernah bertentangan dengan kebenaran yang ditemukan di alam semesta (ayat kauniyah), karena keduanya berasal dari sumber yang sama, yaitu Tuhan Yang Maha Esa. Dalam Sains dalam Al-Quran, santri diajarkan untuk memiliki sikap kritis sekaligus rendah hati. Mereka belajar bahwa keterbatasan alat ukur manusia sering kali menjadi alasan mengapa suatu fenomena belum terjelaskan secara sempurna, namun Al-Quran telah memberikan peta jalan yang memandu manusia untuk terus meneliti dan mengeksplorasi rahasia alam semesta demi kemaslahatan umat.